• A. Nakajima, S. Ishihara, D. Imoto and S. Sawai
  Rectified directional sensing in long-range cell migration
  Nat. Comm., 5, 5367 (2014)
  


• N. Saito, S. Ishihara and K. Kaneko
  Evolution of Genetic Redundancy : The Relevance of Complexity in Genotype-Phenotype Mapping
  New J. Phys. 16, 063013 (2014)
  


• K. Sugimura# and S. Ishihara# (#corresponding authors)
  The mechanical anisotropy in a tissue promotes ordering in hexagonal cell packing
  Development, 140 4091-4101 (2013)
  [In this issue]


• N. Saito, S. Ishihara and K. Kaneko
  The Baldwin effect under multi-peaked fitness landscapes: Phenotypic fluctuation accelerates evolutionary rate
  Phys. Rev. E, 87, 052701 (2013)
  [arXiv:1210.5299]


• K. Sugimura, Y. Bellaïche, F. Graner, P. Marcq and S. Ishihara
  Robustness of force and stress inference in an epithelial tissue
  Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc, in press.


• S. Ishihara, K. Sugimura, S.J. Cox, I. Bonnet, Y. Bellaïche and F. Graner
  Comparative study of non-invasive force and stress inference in tissue
  Eur. Phys. J. E 36, 45 (2013), in topical issue `Physical constraints of morphogenesis and evolution', selected for front cover of the journal
  [arXiv:1301.4298]


• Y. Kondo, K. Kaneko and S. Ishihara
  Identifying dynamical systems with bifurcations from noisy partial observation
  Phys. Rev. E 87, 042716 (2013)
  [arXiv:1208.4660]


• D. Taniguchi*, S. Ishihara*, T. Ohnuki, M. Honda-Kitahara, K. Kaneko and S. Sawai (*equal contribution)
  Phase geometries of two-dimensional excitable waves governs self-organized morphodynamics of amoeboid cells
  Proc. Nat. Acad. Sci. USA 110, 5016-5021 (2013)
  [Todai Press]


• H. Sano, P.S. Kunwar, A.D. Renault, V. Barbosa, I.B.N. Clark, S. Ishihara, K. Sugimura and R. Lehmann
  The Drosophila actin regulator ENABLED regulates cell shape and orientation during gonad morphogenesis
  PLoS One 7: e52649 (2012) [PubMed]


• S. Ishihara# and K. Sugimura# (#corresponding authors)
  Bayesian inference of force dynamics during morphogenesis
  Journal of Theoretical Biology, 313: 201-211 (2012). [PubMed]
  [Development] [実験医学]


• A. Nakajima and S. Ishihara
  Kinetics of the cellular Potts model revisited
  New Jour. Phys. 3, 033035 (2011).


• M. Otsuji, Y. Terashima, S. Ishihara, S. Kuroda and K. Matsushima
  A Conceptual Molecular Network for Chemotactic Behaviors Characterized by Feedback of Molecules Cycling Between the Membrane and the Cytosol
  Sci. Signal. 3, ra89 (2010).


• A. Nakajima, T. Isshiki, K. Kaneko and S. Ishihara
  Robustness under Functional Constraint: The Genetic Network for Temporal Expression in Drosophila Neurogenesis
  PLoS Compt Biol 6(4): e1000760 (2010)


• K. Fujimoto, S. Ishihara and K. Kaneko
  Network Evolution of Body Plans
  PLoS One 3(7): e2772 (2008)


• S. Ishihara and T. Shibata
  Mutual interaction in network motifs robustly sharpens gene expression in developmental processes
  J. Theor. Biol. 252 131-144 (2008)


• M. Otsuji, S. Ishihara, C. Co, K. Kaibuchi, A. Mochizuki and S. Kuroda
  A Mass Conserved Reaction-Diffusion System Captures Properties of Cell Polarity
  PLoS Comput Biol 3(6): e108. (2007)


• S. Ishihara, M. Otsuji and A. Mochizuki
  Transient and steady state of mass-conserved reaction-diffusion systems
  Phys. Rev. E 75 015203(R) (2007)


• S. Ishihara and K. Kaneko
  Turing pattern with proportion preservation
  J. Theor. Biol. 238 683-693 (2006)


• S. Ishihara, K. Fujimoto and T. Shibata
  Cross-taliking of network motifs in gene regulation that generates temoral pulses and spatial stripes
  Genes to Cells 10 1025- (2005)


• S. Ishihara and K. Kaneko
  Magic number 7 $\pm$ 2 in networks of threshold dynamics
  Phys. Rev. Lett. 94 058102 (2005)


• S. Ishihara and K. Kaneko
  Simple Dynamical Model with History Dependence
  J. Phys. Soc. Jpn. 71 2357- (2002)

Japanese Reviews

• 石原秀至, 澤井哲
  「反応-拡散-駆動系として理解する細胞の形態変化」
  日本物理学会誌 第70巻第1号 pp.25-30


• 杉村薫, 石原秀至
  「個体発生の力学の数理モデル解析」
  生体の科学 Vol. 65 (2014 Sept.-Oct.) 特集「生命動態システム科学」


• 石原秀至, 杉村薫
  「細胞のかたちから推定する“力”の場」
  実験医学 Vol. 31 (2013年5月号)特集「生命システムを定量する！」)


• 澤井哲, 石原秀至, 中島昭彦
  「1細胞イメージングから見る細胞内シグナルの自己組織化現象」
  実験医学 Vol. 31 (2013年5月号)特集「生命システムを定量する！」)


• 藤本 仰一, 石原 秀至, 金子 邦彦
  「空間パタン形成の遺伝子ネットワーク進化理論 ―ネットワーク構造と機能の対応づけ」
  生物物理 Vol. 50, No. 1, 18-22 (2010)


• 石原 秀至, 杉村 薫
  「理論生物学研究の眺め方　A practical guide of theoretical biology for molecular biologists」
  蛋白質核酸酵素, 54 (12月号): 1993-1999 (2009) 　[PubMed]


• 石原 秀至
  「質量保存の下での反応拡散系のダイナミクス」 (第5回生物数学の理論とその応用,研究会報告)
  京都大学数理解析研究所講究録 1663, 41-46, 2009-09 　[CiNii]


• 石原 秀至
  「Network motifによる遺伝子発現調節」(動的システムの情報論4-シグナル伝達とコミュニケーション-,研究会報告)
  物性研究 84 624 (2005)


• 石原 秀至
  　「多重定常状態の履歴依存性」(修士論文(2000年度))
  物性研究 77 153 (2001)

Japanese Books

• 石原　秀至, 杉村　薫.
  「理論生物学の眺め方」
  望月敦史 (編) 生命科学の新しい潮流「理論生物学」第1章第2節 (2011年1月)　[共立出版]
  

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